タックスヘイブン対策税制の趣旨は、租税回避の防止にありますが、特定外国子会社等がたとえ現地での租税負担が低くても、租税負担軽減のために存在しているのではなく、その存在に経済的合理性が認められるのであれば、あえて本制度に基づく合算課税を行なう必要はないということになります。そこで次に掲げる基準（いわゆる「適用除外基準」）をすべて満たす外国子会社等は、タックスヘイブン対策税制の適用から除外されることとされています（なお下の4と5は業種に応じていずれかが適用）。
1 事業基準・・・主たる事業が株式の保有等一定の事業に該当しないこと
2 実体基準・・・主たる事業に必要な固定施設を本店所在地に有していること
3 管理支配基準・・・その事業の管理、支配をその本店所在地国において自ら行なっていること
4 非関連者基準・・・取引の過半を関連者以外の者と行なっていること
5 所在地国基準・・・事業をその本店所在地で行なっていること
なお、2010年度税制改正で、いわゆる地域統括会社が一定の場合適用除外基準を満たすよう上述の事業基準、非関連者基準の見直しがされています。
その一方で、適用除外基準を満たす外国子会社等であっても、一定の資産性所得を有する場合は、株式等の保有割合に応じて内国法人の所得に合算して課税することとされています。