課税事業者は、国内において課税仕入れを行なった場合、または保税地域から課税貨物を引き取った場合には、その課税仕入れを行なった日または課税貨物を引き取った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、その課税期間中に国内において行なった課税仕入れに係る消費税額（課税仕入れに係る支払対価の額 × 4/105）および引き取った課税貨物につき課されたまたは課されるべき消費税額（課税仕入れ等の税額）の合計額を控除します（仕入税額控除）。
ここで課税仕入れとは、課税事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、もしくは借り受け、または役務の提供を受けることをいいます。この課税仕入れには輸出免税となる取引など、消費税が免除される取引は含まれません。
「課税売上割合」が95％以上である事業者については、課税仕入れ等の税額の全額を控除することができます。ここで課税売上割合とは、その課税期間中に国内において行なった資産の譲渡等の対価の額の合計額のうちにその課税期間中の国内において行なった課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合をいいます。
一方、課税売上割合が95％未満の場合は、課税仕入れ等の税額の合計額を控除することはできず、課税売上割合に対応した仕入税額控除を行うことになり、個別対応方式あるいは一括比例配分方式のいずれかの方式により仕入税額控除を計算することになります。